雖然大部分人都贊成對青少年進行「性教育」,但是課程大綱往往引起不少爭議。首先,有人認為內容要保持中立,不應該有道德,甚至對與錯的立場;只是單單灌輸科學證實的知識,例如性愛心理和生理、性病及治療、懷孕與避孕等。他們的依據基於社會出現有關性的問題,而且有走向嚴重的趨勢,主要是因為青少年(甚至家長)無知而引起。其他科目(例如數學、物理、文學、音樂等)皆無須加上道德標準,因此「性教育」這一科目也要保持「非道德」(但不是不道德)的方針。況且,不同宗教、不同民族的人對性道德有不同(甚至相反)的價值標準,難有一套合乎所有人使用的道德性教育課程。
另一方面,也有很多關心青少年的教育家認為,教育不能逃避道德課題。縱然沒有宗教元素,也要提出個人責任感及對生命的尊重心態;否則就會產生性氾濫及性病、墮胎、單身少年母親等嚴重的社會問題。有些社會人士要求教導青少年對婚姻、家庭及社會忠誠,以及應有的正確價值觀。他們的結論:性教育若沒有道德指導是有害的!
此外,外國有些教育機構聘用有異常性行為的人士(甚至男娼女妓)擔任導師,現身說法並解釋有關性的議題;結果引起社會震盪及家長們激憤。舉例說,大眾擔心這等過來人導師會推介「各類性行為可以很安全,只要做足準備便可以了!」
由於以上的爭議,有人提出性教育不如針對家長而實行,讓家長明白及討論有關的課程內容及知識;然後,任由他們以他們的角度(包括有或沒有宗教性、道德性)去教育自己的下一代。不過,這樣就假設了所有父母皆為合適及有教導果效的導師,受到教育界的質疑。況且,若堅決執行這原則,在大眾媒介適合兒童及青少年觀看的節目上,任何有關性的題材也需要審查,甚至禁止了。
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