目前未有藥物能根治自閉症譜系障礙的症狀；然而，若患者具侵略性或自我傷害的行為、情緒困擾、強迫及刻板的行為、過度活躍、專注力弱或睡眠問題，可透過藥物減低其症狀，從而幫助患者在接受其他教育及行為治療的時候，有更佳的表現。
抗精神病藥物(例如risperidone和aripiprazole)經美國食品藥物管理局(FDA)核准用來治療攻擊或自傷行為。即使如此，還是必須衡量藥物的效果與副作用，副作用包括體重增加或者疲倦等。
至於針對自閉症譜系障礙的社交障礙和狹窄重複行為，暫時並沒有藥物核准。有些文獻指出，選擇性血清素回收抑制劑(SSRI)類型的抗鬱藥，例如fluoxetine，可有效減少重複及儀式行為。根據2020年BMC Psychiatry上載的分析Pharmacotherapy of restricted/repetitive behavior in autism spectrum disorder: a systematic review and meta- analysis 指出，藥物與安慰劑的比較並沒有特別顯著的功效，因此並不建議例行使用藥物，應該是按照患者的特別需要而決定，也要常常檢討藥物的有效性和副作用。
自閉症譜系障礙的患者同時也患上專注力不足及過度活躍症的比例高達40-70%，是最常見的共病。針對同時出現專注力不足及過度活躍症的症狀，一般而言，若果行為治療不奏效或者症狀嚴重或影響日常生活，藥物(例如methylphenidate)可能有幫助。
自閉症譜系障礙患者出現情緒障礙的比例也比一般人高，研究數字顯示，抑鬱症的流行率為10-50%，躁鬱症為5%，遠遠高於一般人的流行病率分別為7%和低於1%。一般而言，藥物(例如抗抑鬱藥和情緒穩定藥)對於改善情緒焦慮等病徵，也是頗有成效的。
睡眠障礙在自閉症患者也常見，有些證據指出，自閉症兒童褪黑激素的水平比正常人低，影響他們的睡眠週期。所以，若果睡眠衛生或行為治療未能改善睡眠問題，處方褪黑激素也是可以考慮的。
劉潔玲醫生
精神科專科醫生
環球天道傳基協會 